A Közlekedési, Hírközlési és Energiaügyi minisztérium döntése alapján az M6-os autópálya két új, Dunaújváros – Szekszárd és Szekszárd – Pécs közötti szakaszát kizárólag díjfizetés ellenében lehet igénybe venni. Fontos tudnivaló, hogy az idevonatkozó előírások szerint a díjköteles autópálya-szakaszok csak érvényes e-matricával használhatók, amelyet már a pályára való felhajtás előtt meg kell vásárolni.

Mivel az M6-os autópálya is része a magyarországi e-matricás rendszernek, az úthasználati jogosultságok értékesítését ez esetben is az Állami Autópálya Kezelő Zrt. végzi. A két új szakasz tekintetében szintén a társaság látja el a kamerás ellenőrzési feladatokat, míg a mobilcsoportos és tereléses ellenőrzéseket a Nemzeti Közlekedési Hatóság koordinálja.

Az ÁAK Zrt. kezelésébe csak az M6-os autópálya M0-ás autóúttól az Érdi-tetőig terjedő 8,3 km-es pályarésze tartozik. A további szakaszok kezelési feladatait az alábbi társaságok látják el:

 - Érdi-tető - Dunaújváros: M6 Duna Autópálya Koncessziós Zrt. (www.m6-duna.hu)

 - Dunaújváros - Szekszárd: M6 Tolna Autópálya Koncessziós Zrt. (www.m6tolna.hu)

 - Szekszárd - Pécs: Mecsek Autópálya Koncessziós Zrt. (www.mecsekautopalya.hu)